农业综合开发农业部专项项目安排的总体思路是：深入贯彻落实中央农村工作会议和中央一号文件及国务院办公厅转发财政部《关于加强农业综合开发工作若干意见》（国办发〔2009〕63号）精神，结合国家农业综合开发战略调整，优化布局，以提高农业综合生产能力，实现粮食稳定发展和确保主要农产品有效供应、促进农业可持续发展和农民持续增收为目标。良种繁育项目要依托良种基地优势产区，助力构建布局合理、分工明确、供给稳定的良种供应体系，建设一批区域骨干性、示范指导性项目，建立完善良种基地与农业综合开发项目区紧密、有效、长期联结的新机制，确保项目区良种品质和供应能力；优势特色示范项目要根据农业综合开发“一县一特”产业布局和发展需要，紧密结合、统筹规划、科学布局、突出重点，促进形成各具特色的优势产业。